Experiencia
El Refugio protege una variedad de ecosistemas, incluyendo manglares, estuarios, pastos marinos, bosques inundados y arrecifes de coral, además de ser un importante sitio de anidación para tortugas marinas. Es común encontrar la palma Raphia taedigera (yolillo) y los árboles Campnosperma panamensis (orey) y Prioria copaifera (cativo). Los manglares predominan en un canal ancho en la desembocadura del Río Gandoca, cerca del pueblo de Gandoca, con otros pequeños parches a lo largo de la costa. Las playas de esta costa se inundan dos veces al día durante la marea alta, y los árboles como el coco y la uva de mar son comunes.
El yolillo forma extensas palmeras conocidas como yolillales en tierras bajas inundadas durante gran parte del año, acompañado por especies como el Astrocaryum alatum (coquito), orey, cativo, Pterocarpus officinalis (sangrillo) y Carapa nicaraguensis (caobilla). Entre Punta Mona y Middle Creek, se encuentra un ecosistema forestal especial llamado cativales, dominado por el cativo y con un sotobosque diverso de palmeras enanas. También hay un pantano de pastizales herbáceos abiertos que cubre 600 hectáreas, con especies como Mimosa pigra (uña de gato) y Dalbergia brownei (varilla negra).
La fauna del refugio es diversa, incluyendo la mariposa morfo azul, la langosta caribeña, el sábalo del Atlántico, la bocaracá, cocodrilos, caimanes, el tapir centroamericano y el mono araña. El refugio también alberga la ostra de manglar Crassostrea rhizophorae y tres especies de delfines: el delfín mular común, el delfín moteado del Atlántico. Es uno de los pocos lugares en Costa Rica donde se encuentran manatíes.